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不过 塞特人毕竟是银河霸主，尽管受到重创，但其剩余实力仍不在人类之下。在发现面临强劲对手后，就迅速的收缩防线，放弃大量殖民星系以争取时间，在人类的第一次攻击结束后不久，便完成了战略调整和准备，发动了反攻。幸好人类也是早有准备，并没有将力量用尽，加上新归附的大量抵抗组织，与塞特人在各个战区展开了激战，空前激烈的银河争霸战很快进入战略相持阶段。
四百多年后，经过联邦科学院上下科研人员的长期攻关，终于在西摩人的基础上研制成功了针对塞特人的基因武器。除了大量装备前线部队外，还大批的运往帝国内部，交给那些抵抗组织，当年西摩人的悲剧开始重演了，胜利的天平开始向人类倾斜。
由于人类联军和他们支持的抵抗组织在塞特帝国内外大量使用这种被称为“阳光”的基因武器，一百多年后，塞特人中的绝大部分人都已悲惨的死去，残余的塞特人虽然尽力的防护和不断采取新的医疗手段，但仍跟不上人类基因武器的更新速度。再也无法抵挡人类越来越猛烈的攻势，当塞特人被压迫到不足一百个星系的范围后，完全绝望的塞特人开始了疯狂的最后反攻。并将极少数没被感染的战士和病情较轻的人组织起来，趁人类军队忙于应付反攻无暇兼顾时，避开防御银盘的人类军队，冒险进入充满危险的银晕。舰队携带着还不成熟的人类基因武器和塞特人威力最大的武器向太阳联邦首都太阳系攻来。
盟军统帅部早已预料到可能会出现这种情况，西摩人当年就是用这种战术对塞特帝国造成了重大伤亡，早就严阵以待。塞特人的舰队还未离开银晕就已经被发现了。太阳联邦一边调动所有军事手段进行拦截，一边启动了紧急方案。两万多位科学院院士和大批人类精英立即疏散到了其他星系，同时，联邦的超级智脑“太阳神”也于四千多光年外的另一台同型智脑建立了超空连接，将联邦的核心机密和科学资料全部转移。这样做原本是为了保护人类精英和科技，以免造成损失。但令批准这个计划的圣殿没有想到的是，刚刚成为银河霸主的太阳联邦就毁在这个计划上。
对塞特舰队的拦截非常成功，联邦的九支一极舰队和十二支二极舰队从距太阳系两千光年外就开始阻击塞特舰队，加上阻击时间中陆续赶来的其他舰队。越接近太阳系，人类的防御力量就越强大。结果还没等到塞特舰队接近太阳系，整个舰队就全军覆灭了。尽管人类付出了比塞特人更大的代价，但却使塞特人这垂死一击没有得到任何实质性的收获，不久，人类联军就攻占了塞特星区。
银河争霸大战从开始到结束，共持续了地球时间五百七十四年，以人类为主的太阳联邦在其他十一个强大种族帮助下，终于彻底消灭了塞特帝国。在这场银河系有史以来最惨烈的战争中笑到了最后。
尽管人类赢得了战争的最后胜利，但在胜利背后所付出的代价也是极为惨重的。联邦人口从战前的七百六十三亿下降到了五百四十一亿。一百三十二个殖民星系被彻底毁灭，两千多个殖民星受到严重破坏。虽然代价如此巨大，人类毕竟还是胜利了。所获得的利益也是空前巨大的。短时间内在银河系已不可能出现挑战人类地位的种族。可就在这绝大部分人都以为可以安享太平的时候，又一场比银河争霸战更可怕，更残酷的战争开始了。
银河战争结束后不到两年，位于人马臂的因鲁克人宣布独立，并对驻扎在附近的联邦第十七军团发动突袭，十七军团司令岗列上将报称受到毁灭性打击。请求联邦军事委员会尽快调集大军平定叛乱。
因鲁克人是人类在银河战争中最重要的盟友，也是实力最雄厚的一个。为了争取因鲁克人加入盟军，太阳联邦主席莫克曾向他们承诺，如果他们站到人类这一边来，战争胜利后将他们国境附近的六十七个星系划归他们管理。战争结束后，联邦政府立刻兑现了自己的承诺。但也因此让因鲁克人的实力急剧扩张，成为银河系中除了人类以外最强大的种族。联邦为了防备因鲁克人生出异心，就在附近星区部署了两支一级舰队和六支二级舰队，以震慑因鲁克人对控制范围以外的野心。
因鲁克人的攻击立即震动了正在忙于整顿征服星系的联邦政府。为了避免连锁反应，政府和圣殿一致决定，必须尽快将这次叛乱镇压下去，否则会对联邦目前已经十分混乱的局势急剧恶化。力争在最短的时间内打败因鲁克人。但是为了稳定银河的形势，元气大伤的联邦军队还不得不在每一个星球派遣安全部队。若想调集足够超过因鲁克人的军事实力，根本做不到。从那里抽取军队，那里就会出现力量真空状态。
后来、联邦副主席伯顿提议，从首都星系和附近的二十一个星区调用军队平叛，这一带是人类的老根据地，根本没有足以威胁人类的种族。主要军事力量被调走后，也不至于出现什么乱子。圣殿和政府在经过研究后，批准了这一提案。
只有极少数人感觉到了这个计划的危险性，金阳和莫平就是其中两人。不少人虽然提出了不少折衷意见，但是没有改变政府和圣殿的决定。但当时谁也没想到，这一切、竟是一个人类有史以来最恶毒的计划。
制订这个恶毒计划的就是联邦第一副主席伯顿。当时没有任何人会想到，备受圣祖尼玛宠爱的伯顿会在这个时候选择颠覆联邦。在尼玛的全力扶持下，他已经可以有绝对的把握可以继任莫克成为下一任联邦主席了。可是、伯顿不想要一个有太上皇的民选国家，即使是统一银河后空前强大的太阳联邦。
两个多月后，当远征舰队完成集结还未到达前线时，却在行军的途中受到了因鲁克和人类联军的猛烈攻击。幸好金阳临危不乱，迅速摆脱了敌方舰队。直到这时，金阳才明白中了调虎离山之计，急忙率军返回太阳系，希望可以拯救太阳联邦。
可是、即使金阳发现了这个可怕的阴谋，他也来不及返回了。更何况他还要摆脱敌方的追击。就在金阳受到攻击前一个多小时，太阳系已经受到了强度更大的攻击。对太阳系的攻击甚至比金阳遇袭时间更早。
最早发现异常的是莫平，自从金阳率军出征后，他就一直保持着高度警觉。除了将战舰全部部署在各大空间基地外，还将所有侦察舰和护卫舰布置在外层空间，密切的关注着周围星系的动静。也正是因为他的小心，才保住了圣殿和部分科学精英。
令莫平极为震惊的是，当他的侦察船和护卫舰纷纷发来紧急警报后，原本十分完善的多空间预警系统竟没有任何反应。在判明了敌方的兵力远超过他之后，莫平就立即做出了一个非常关键的决定。只分出一半兵力去拦截敌方舰队，另一半战舰立刻返回各行星，将政府主要官员和科学院的院士们全部转移。尤其是要首先保证圣殿和留在太阳系的大量圣灵学士安全。
当这些所有空间都塞满了人的战舰刚刚升空后不久，还没等集合成战斗队形，敌人已经消灭了前去阻击的小舰队，进入太阳系的超空范围了。莫平当机立断，立刻炸毁了超空星门，然后从正空间向太阳系外空逃去。
从各大行星逃出的大量民用飞船为他们提供了最好的掩护，自从发现强大的空间防御系统也象预警系统一样在攻击开始前被彻底破坏后，公民们就竟相寻找一切可以利用的飞行器，只求能先离开没有任何防御的星球再说。可是，只有不太多的人有机会进入了空间，绝大多数人根本没等到逃离行星，敌人的攻击就已经开始了，
莫平在木星轨道附近通过临时布置的侦察仪器亲眼目睹了四大行星相继爆炸的惨痛情景，随之消失的还有他最挚爱妻子和女儿。幸好大量的逃难飞船为他们提供了最好的掩护，让敌人根本摸不清楚他们逃离的方向，为他们争取到了比较充足的时间。顺利到达了预先选定的目标，距冥王星轨道外很远的一块巨大氢云中。
然而好景不长，敌人很快从潜伏的间谍那里推测出了他们可能逃逸的方向，派出了大量部队进行追击。莫平率领这支小舰队在尼玛和少数没有随军出征的终极人帮助下，凭借着终极人那超卓的探测能力，在危险的氢云中和敌人展开了游击战，多次成功避开了敌人的搜索。直到过了两个多月以后，才与敌人发生的第一次战斗。不幸的是，莫克和政府主要官员所在的战舰“尼斯号”被敌人摧毁了，莫克等人全部遇难。
经过了地球时间四个多月的艰苦躲避，莫平终于坚持到了金阳冲破敌人的阻击，赶回太阳系。但是因为时刻不停的躲避氢云中的小行星和敌人的战舰，所有终极人的精神能量都已经消耗殆尽。失去了他们的跨空间感知能力，在确认逃脱了敌人的追击后。舰队的终极人不得不进入休眠状态，好尽快恢复精神力。莫平则率领舰队在氢云中摸索着前进。
金阳返回太阳系后，发现首都星系四大行星全部被彻底毁灭，尽管找到了不少幸存者。但却找不到莫平他们。只好留下一支小舰队继续搜索。自己率主力舰队前往亚特兰蒂斯，创建临时政府，号召各主要人类武装和他联合起来，共同讨伐丧尽天良的伯顿。在其他势力相继独立建国后，也宣布建立银河联邦。
莫平和尼玛直到地球毁灭六年多以后，才被主要由终极人组成的搜索队发现。因为缺乏星门舰，他们一直被困在正空间，又因躲避追击而失去了所有坐标，迷失在氢云中。直到尼玛等终极人恢复了部分能力才偶然和搜索舰队联系上。
伯顿在毁灭了太阳系之后立即宣布成立银河帝国，并在八个其他种族的支持下，开始进攻不服从他的星系。在太阳联邦原来的七十三个一级军团中，一直由伯顿控制和后来加入的有三十一个，只有十九个由金阳控制或投入联邦，其余的则宣布独立。二级舰队和大量的星系武装除约半数投向银河帝国外，只有不足五分之一加入新联邦。
人类的这种愚蠢行动同时给了无数其他种族一个难得的机会，他们纷纷利用这种乱局，有一定实力的宣布独立，实力不足者则依靠相互结盟和联合来摆脱人类的影响。在很短的时间里在银河就出现了几十万个大大小小的国家。但还没等这些国家站稳脚跟，实力雄厚的银河帝国和银河联邦就开始发动了扩张。近乎疯狂的兼并战争开始了。
兼并战争开始后，拥有人类大半实力和其他别有用心种族支持的银河帝国实力最为雄厚，所到之处锐不可挡。实力仅次与帝国的银河联邦也不甘示弱，由于有终极人的支持和帮助，也是所向披靡。只有那些距离这两大势力都有一定距离的国家才能拥有发展的空间和时间，处于这两个国家较近的不是被收编，就是被迅速消灭了。
仅仅过了不到两百年，银河的形式就逐渐明朗了起来。除了帝国和联邦这两个大国外，只有三十多个国家逃脱了被兼并的厄运，另外在双方都不太感兴趣的银河系边区。还有一些小国家幸存下来。但也只是因为各大势力暂时顾不上收拾他们而已。
这场疯狂的兼并战争一直持续了四百多年才算告一段落，对银河系的生命造成了空前浩劫，有不少